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 Apache Derby 
Apache Derby 是一种高质量的、纯 Java™ 的嵌入式关系数据库引擎，IBM® 最近已将其捐献给开放源码社区。Derby 数据库基于文件系统，具有高度的可移植性，并且是轻量级的，这使得它非常便于发布。
Apache Xindice 
Apache Xindice也是一个Native-XML数据库(NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。Xindice使用XPath做为它的查询语言与XML:DB XUpdate做为它的更新语言.
Ashpool 
Ashpool是一个Java开发的轻量级XML数据库。它的目的是可以使用标准的SQL92语法通过一个JDBC驱动来查询，新增，更新和删除XML文档.
Axion
Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。
BaseX
BaseX是一个原生XML数据库。它具有简洁的存储结构，高效的XPath和XQuery实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。
Berkeley DB JE
Berkeley DB JE是一个高性能的事务存储引擎完全利用Java开发.Berkeley DB JE在应用程序的地址空间(address space)上执行,不需要进行服务端与客户端的通讯.它应用程序的原生格式来存储格数据所以不需要在运时期进行数据的转换.Berkeley DB JE完全支持ACID事务与恢复.
ChaiDB
ChaiDB是一个采用Java开发的高性能嵌入式数据库。使用B-Tree实现数据存储，提供JCA，JTA接口，数据库管理工具比如：备份与还原等。
db4o 
中文资源社区：http://www.db4o.com/china?src=cn
dbXML 
dbXML是一个Native XML数据库.它能够索引和存储XML文档集合.这个服务器还以脚本,类和触发器的形式来提供商业逻辑.
Emdros 
Emdros是一个text数据库可以用来分析/注解(analyzed/annotated)文本.Emdros有自己的强大查询语言用来进行查询,新增,修改,删除操作.
eXist 
eXist是一个开源的native XML数据库.它有依据索引的XQuery处理程序,可以自动进行索引,扩展的全文本搜索,XUpdate支持并且它与现存的XML开发工具可以紧密的结合在一起.
FeatherDB
FeatherDB是一个采用Java开发基于JSON的Document数据库，是CouchDB的一个克隆。它拥有一个完整的HTTP/REST接口，支持通过Java类或JavaScript（使用java6的JavaScript支持）实现查询。FeatherDB使用嵌入的Jetty HTTP服务器来处理所有交互。
H2
H2是一个采用Java开发开源的嵌入式SQL数据库。它支持集群，提供JDBC和部分ODBC API,采用C/S模型。它还包括一个用于管理数据库的Web客户端。
hamsterdb-java
hamsterdb-java是hamsterdb嵌入式数据库的一个Java封装。hamsterdb是一个采用C开发，非常快，轻量级的嵌入式数据库引擎。
HeliDB
HeliDB是一个简单、快速的数据库，用于存储来自Java程序的key—value成对数据。可以通过配置来使该数据库支持不同的功能和存储方式。最简单的配置情况下，该数据库只是一个基于文件的Map，更复杂的配置，该数据库将使用B+树数据结构来提供快速搜索、新增和事务支持。
HSQLDB 
HSQLDB(Hypersonic SQL)是纯Java开发的关系型数据库,并提供JDBC驱动存取数据。支持ANSI-92 标准 SQL语法。而且他占的空间很小。大约只有160K,拥有快速的数据库引擎。
JavuSQL
JavuSQL（原先叫SimpleSQL）是一个非常小关系型数据库。包括JDBC驱动只有200kB左右，数据存储在一个64-bit的文件中。SQL语法支持SQL-92标准。
JDBF 
JDBF是基于JDBC的对象-关系映射系统.它需要一个叫做repository的XML配置文件用来映射对象.它生成SQL来取得,保存,删除对象.
JDOInstruments 
JDOInstruments是一个用Java开发的嵌入式面向对象数据库.它还实现了Sun的JDO规范用于Java对象的透明持久化.它可运行在windows2000, windows2003 64bits,和Linux(Fedora Core2)平台上.
JODB
JODB是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。
Mckoi DataBase
McKoiDB 是GPL 的license, 是由纯Java开的数据库。他的 JDBC Driver 是使用 JDBC version 3 的 Spec. 他也是遵循 SQL-92 的标准, 也尽量支持新的 SQL 特色, 并且支持 Transaction 的功能.
Metanotion BlockFile
BlockFile一个100%纯Java，轻量级，单个文件嵌入式数据库。它的功能介于SQLite与BerkeleyDB之间。专门为PDA和Mobile应用程序而开发。
Mondrian 
Mondrian是一个OLAP数据库.它实现了MDX语言,XML解析,JOLAP规范.它从SQL和其它数据源读取数据并把这数据聚集在内存缓存中.
MyOODB
MyOODB是一个面向对象数据库,真正快速的分布式数据库,支持真正的分布式对象,支持真正的分布式事务,支持隐式/显式事务, 支持无缝高速Web服务访问,支持数据库自我恢复,支持多个并发嵌套事务并且数据库大小只占磁盘很小的空间。集合MyOOWEB和MyOOSDK能为开发快速，很小但又强大的App/Web应用程序提供一个平台。
NeoDatis ODB
NeoDatis ODB是一个面向对象数据库，一个真正透明的对象持久层。利用一行简单的代码就能够持久化native object。ODB非常简单、非常快并自带强大查询语言。ODB既可以做为一个内嵌数据库引擎使用，也可以以C/S模式运行。
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